Co se týče státních archeologických institucí, můžeme si je pro přehlednost rozdělit do dvou kategorií: archeologické ústavy Akademie věd ČR a ústavy archeologické památkové péče. Tyto instituce zaměstnávají přední české badatele a udávají směr české archeologii. Pracovníci ústavů sami provádějí výzkum, hledají nové metody a teorie, publikují odbornou i popularizační literaturu, podílejí se na tvorbě zákonných norem, týkajících se archeologie, účastní se světových konferencí a celkově se snaží tvořit špičku české archeologie.
Podrobnosti o jednotlivých ústavech, jejich zaměstancích i činnosti naleznete pod následujícími odkazy:
Archeologický ústav AV ČR Praha
Archeologický ústav AV ČR Brno
Archeologický odbor Národního památkové ústavu Praha
Ústav archeologické památkové péče středních Čech
Ústav archeologické památkové péče Brno
Ústav archeologické památkové péče severozápadních Čech v Mostě